一般的有機顏料和無機顏料(比如色素碳黑)都可用于水性油墨。由于水性油墨的樹脂大多為堿溶性的，所以選用顏料時，須使用能耐堿性的顏料，色素碳黑就有不同的PH值。
但是，水墨中顏料的分布密度較溶劑型油墨要大得多，而水的表面張力及極性都與溶劑差別大，使得顏料分散較為困難，直接影響到油墨的穩定性、粘度和pH值。采用添加表面活性劑可增加樹脂和水的親和力及顏料與水溶性連接料的親和力，從而解決油墨的穩定性問題。水墨的粘度和pH值是需要精確控制的。
色素炭黑當pH值高于9.5時，堿性太強，油墨的粘度會降低，干燥速度變慢、耐水性能變差;當pH值低于8時，堿性又太弱，油墨的粘度升高，干燥速度加快，會造成臟版、糊版、起泡等缺陷。在印刷過程中選用顏料時，應選擇國產顏料中色澤艷亮、粘度低、體系穩定的高級顏料來制作水性油墨。
